Česká limnologická společnost spolu se Slovenskou limnologickou spoločnosťou pravidelně organizuje v intervalu 3 let společnou konferenci. Jejich přehled s odkazy na sborníky naleznete níže v sekci Konference ČLS a SLS.
ČLS se také podílí, buď jako spoluorganizátor nebo odborný garant, na průběhu dalších konferencí, jejich přehled naleznete v sekci Další konference.
